Kesulitan lain dari proses pembuatan batik warna alam adalah keretakan lilin batik (malam) yang sudah membentuk motif pada kain akibat pencelupan (celup dan jemur) yang berulang-ulang. Akibat "dihajar" dengan celup-jemur yang bisa lebih dari 20 kali, keretakan ini sulit dihindari. Karenanya, bila menghendaki latar atau bidang tertentu memiliki warna yang rapi, maka harus merelakan ekstra tenaga dan waktu untuk kembali menimpali bagian lilin batik yang retak dengan mengulang atau menutupnya lagi. Atau bila dibiarkan maka akan muncul kesan retakan (jawa : remukan) pada motif batik warna alam, uyang semakin menunjukkan bahwa batik ini benar-benar batik tulis atau cap.